Riktlinjerna för nomenklaturen

Inledning

Riktlinjerna för nomenklaturen nedan förklarar hur FlyBase tilldelar kanoniska symboler och namn till sina genetiska objekt (gener, alleler, transposoner, insättningar, aberrationer och balanserare). Vi uppmuntrar samhället och tidskrifter att följa FlyBase-godkända symboler/namn för konsekvens i publicerade datauppsättningar. Även om dessa riktlinjer täcker de flesta omständigheter kan det finnas undantagsfall som inte tydligt täcks här. Kontakta FlyBase för att diskutera sådana fall eller någon annan aspekt av nomenklaturen.

Symboler kontra namn

Gensymbolen är vanligtvis en förkortning av det fullständiga gennamnet och bör som sådan vanligtvis bestå av ett minimalt antal tecken. Gensymbolen och namnet bör använda jämförbara versaler och teckenuppsättningar.
Krav på FlyBase-godkända Drosophila-gensymboler och namn
Unikhet. Varje godkänd gensymbol och namn måste vara unika bland alla FlyBase-godkända symboler och namn.
Relevans. Namnet ska anspela på genens funktion, muterade fenotyp eller annan relevant egenskap.
Begränsade och otillåtna tecken. Det finns flera tecken som har specifika betydelser i en genotypsträng. Användning av dessa tecken i en gensymbol skulle komplicera tolkningen av genotyper. Därför ska godkända gensymboler följa följande regler:

kontra

Godkända symboler får inte innehålla följande tecken: /, \, {, }, <, >, [, ], ;, *.
Genus/artsprefix. Gener från alla arter, utom D. melanogaster, får automatiskt ett unikt artförkortningsprefix intill deras FlyBase-godkända symbol . Varje annan/ytterligare indikation på en gens ursprung (t.ex. D, Dro eller Dm) är redundant och/eller tvetydig och kommer inte att utgöra en del av den FlyBase-godkända gensymbolen/namnet.
Drosophila melanogaster gener. Giltiga gensymboler används för att namnge D. melanogaster-gener. Vildtypsalleler av intakta gener indikeras med ett upphöjt “+t” följt av en identifierare, t.ex. ry+t7.2 eller Adh+t3.2.
En lämplig identifierare (används i dessa exempel) är storleken på det genomiska fragmentet som bär vildtypsgenen. Transgenkonstruktionsburna gener som inte ger vildtypsfunktion ges unika allelbeteckningar utan föregående ‘+t’, t.ex. ftzB eller yD225. Ersättning av promotor eller andra kontrollsekvenser kan indikeras i allelbeteckningen: dpphs.PP, t.ex. för en dpp-gen kontrollerad av en värmechockpromotor.

Ursprungsart. Ursprungsarter är indikerade för icke-melanogaster Drosophila-gener som finns i transgenkonstruktioner. En artkod som består av den första bokstaven i släktet (versal) och en trebokstavskod, vanligtvis de tre första bokstäverna i arten (små bokstäver) läggs till gensymbolen med ett avgränsande snedstreck, t.ex. Dvir\Dfd+t7 .6 för den deformerade vildtypsgenen från Drosophila virilis.

För gener från andra arter än Drosophila giltiga gensymbolerna efter en symbol med fyra bokstäver, som ovan, som anger ursprungsarten, t.ex. Hsap, för människor, Gdom, för kyckling, Hsim, för Herpes simplex, Ecol för E. coli etc. För virus används ibland namnet eller förkortningen, t.ex. Abelson, Adeno5, Cmeg, eller symboliskt namn, t.ex. T4, M13, den grekiska symbolen lambda, istället för en släkte-art-härledd fyra- bokstavssymbol. I alla fall är dessa symboler separerade från gensymbolen med ett snedstreck.
FlyBase anser att transposerbara element, mitokondrie-DNA och andra liknande enheter är arter (detta beror på att var och en kan innehålla flera olika gener). Det är av denna anledning som till exempel P-elementet Transposas har symbolen P\T i konstruktioner.

Fusionsgener

Fusionsgener

Fusionsgener definieras (av FlyBase) som fusionen av proteinkodande regioner av distinkta gener konstruerade genom mutagenes in vitro. De är namngivna med hjälp av gensymbolerna för deras beståndsdelar, åtskilda av en dubbel kolon.

Leave a Reply

Your email address will not be published.